職能資格制度の考え方自体には一定の合理性がありますので、

このご質問だけの情報では貴社が職能資格制度をやめた方が良いかを判断するのは難しいと言えます。

まずは、貴社の人事制度のどこにうまく機能しない原因があるのかを、客観的にに分析することをお勧めします。

ただし中小企業にとっては、職能資格制度が「複雑すぎる」ことは事実です。

職位（部長や課長などの役職）と職能資格（参与や参事などが代表的）の二重管理になりますので、

組織内の責任・権限や給料のバランスが乱れてしまいます。

さらに言えば、職能資格制度に限らずほとんどの人事制度は、その設計思想によって複雑にならざるを得ません。

なぜなら、社員さんを「給与額」で動機づけしようという設計思想では、

社員さんを正確に「点数化」する必要が生じます。

この「点数化」が人事制度を複雑怪奇な構造にしているのです。

その点で、「評価と給与を分離」している生きがいラボの『ノーレイティング型人事制度』は、

社員さんに点数をつける必要がありませんので、驚くほど「シンプル」な人事制度にすることができます。